Çanakkale Anadolu Lisesi, Sayın İrfan Şahin´in kurucu müdürlüğünde Demircioğlu Caddesi ile İnönü Caddesinin kesiştiği bölgede 26 Eylül 1983 tarihinde 2 İngilizce Hazırlık sınıfı ile eğitim öğretime başlamıştır.
Milli Piyango İdaresi 1990 yılında yeni bir uygulama başlatmış ve reklam bütçesinden ayırdığı bütçe ile her yıl bir ilimize okul yaptırmayı planlamıştır. İlk olarak Ankara´daki Çankaya Milli Piyango Anadolu Lisesi 1992 yılında hizmete girmiştir. Daha sonraki yıllarda Bursa, Erzincan gibi illere birer Anadolu Lisesi yaptırılmıştır.Milli Piyango İdaresi, "Her İlde Bir Anadolu Lisesi" yaptırma uygulamasına Çanakkale´de devam etmiş ve ilimiz Esenler Mahallesi Çukurçayır mevkiinde 9. Cumhurbaşkanımız Sayın Süleyman Demirel´in de katıldığı törenle 18 Mart 1993´te Çanakkale Milli Piyango Anadolu Lisesi´nin temeli atılmıştır. Okulumuz 11 yıldır eğitim öğretim faaliyetlerini sürdürdüğü eski binasından, 25 Nisan 1994 tarihinde yine 9. Cumhurbaşkanımız Sayın Süleyman Demirel´in açılışını yaptığı yeni binasına taşınmıştır.
Çanakkale Milli Piyango Anadolu Lisesi olarak 1994-1995 öğretim yılında, 12 Eylül 1994´te 3 İngilizce, 1 Almanca hazırlık sınıfı ile öğretime başlamıştır. Kurucu Müdürümüz Sayın İrfan ŞAHİN´in 16/01/1995 tarihinde emekli olmasından sonra okulumuz müdür baş yardımcısı Sayın Abidin BALCI müdürlük görevine başlamış, Abidin BALCI´nın 18/08/1999 tarihinde görevi başında vefatından sonra ise okulumuz müdür yardımcısı Murat YETİŞEN okul müdürlüğü görevini atanmıştır. 2002-2003 Öğretim yılında okulumuz kontenjanı 4 İngilizce 2 Almanca olmak üzere 6 sınıf ve 180 öğrenciye çıkarılmıştır. Murat YETİŞEN´in Çanakkale Fen Lisesi´ne atanmasının ardından daha önce Çanakkale İbrahim Bodur Anadolu Lisesi müdürlüğü yapan sayın Rafi ADİKTİ 15.09.2010 tarihinde okulumuz müdürlüğüne atanmıştır.
23 Ekim 2011 Van depreminin ardından; Milli Piyango adını taşıyan okullara depremde hayatını kaybeden öğretmenlerin adlarının verilmesine ilişkin Maliye Bakanlığı, Milli Piyango İdaresi ve Milli Eğitim Bakanlığı arasında 14.12.2011 tarihinde protokol düzenlenmiştir.Yapılan protokol dahilinde hayatını kaybeden öğretmenlerin nüfusa kayıtlı oldukları illerde Milli Piyango adını taşıyan okul var ise bu okullara adlarının verilmesi; yoksa hizmet süresi fazla olan öğretmenden başlanarak ad verilmesi; hizmet süresinin eşit olması halinde ise yaşça büyük olan öğretmenin adının verilmesi uygun görülmüştür. Bu kapsamda 27.12.2011 tarih ve 10127 sayılı "Bakanlık Olur" u ile okulumuza, Van´da öğretmenlik görevini yürütürken depremde hayatını kaybeden ve aynı zamanda eski mezunlarımızdan olan Vahit TUNA´nın anısına Vahit Tuna Anadolu Lisesi adı verilmiştir.
Okulumuza; 26/09/2014 tarihinde okul müdürü olarak Cemal KORKUT atanmış ve 04/07/2019'da ayrılışının ardından görevi Esat ENGİN devralmıştır. 2 yıl görevini başarıyla sürdüren ve Covid-19 salgının başlangıç döneminde görevde bulunan Esat Engin okulumuzdan emekli olmuştur. 03/09/2021 yılında ise Nesrin ÖZGEN okul müdürlüğüne atanmış ve 04/07/2022 tarihinde görevinden ayrılmıştır. 06/04/2022 ile 12/09/2022 tarihleri arasında okul müdürlüğüne Çanakkale Anadolu Lisesi Müdür Yardımcısı Tercan ATAŞ vekalet etmiştir.
08/09/2022 tarihi itibariyle okul müdürlüğüne atanan Turgut YAZAR halen görevdedir ve görevini başarıyla yürütmektedir.
